Sus padres, de origen español, le transmitieron sus raíces gallegas, ya que sus abuelos paternos provenían de la villa de Maside. Como muchos argentinos, llevaba en su sangre la ascendencia gallega. Fue gracias a su abuela que aprendió el idioma gallego, el cual fue el punto de partida de su carrera como escritor. Además, tuvo el honor de contar con su hermana menor, Aurora Bernárdez, quien también se destacó como escritora y traductora, y fue la primera esposa y albacea testamentaria de Julio Cortázar.

A los veinte años, Francisco decidió embarcarse en un viaje a la tierra de sus antepasados. Residió en España desde 1920 hasta 1924, sumergiéndose en la lectura de los poetas modernistas que ejercieron una fuerte influencia en sus primeros libros. Durante su estancia en Vigo, trabajó como periodista y fue redactor de «Pueblo gallego». Allí entabló relaciones con destacadas figuras como Ramón María del Valle-Inclán, los hermanos Antonio y Manuel Machado, y Juan Ramón Jiménez. También pasó un breve período en Portugal.

A su regreso a Argentina, Francisco Luis Bernárdez se unió al grupo de Florida, conocido también como el grupo Martín Fierro, una agrupación de artistas vanguardistas que desempeñó un papel importante en la renovación literaria y estética de Argentina en las décadas de 1920 y 1930. Durante este período, Bernárdez apoyó el ultraísmo y las corrientes europeas propias de la época.

En 1925, entabló una amistad con el entonces poco conocido Jorge Luis Borges, con quien disfrutaba explorando los suburbios en largas caminatas. Bernárdez formó parte de la segunda etapa de la revista Proa en las Letras y en las Artes, un proyecto animado por un grupo literario conformado por Ricardo Güiraldes, Alfredo Brandán Caraffa, Pablo Rojas Paz y el propio Borges.

Posteriormente, desempeñó su labor en el periódico La Nación. A partir de 1928, comenzó a escribir para la revista Criterio, en la que participaron y participarían reconocidos escritores como G. K. Chesterton, Baldomero Fernández Moreno, Gabriela Mistral y Jorge Luis Borges, entre otros destacados literatos. Además, formó parte del grupo fundador del diario El Mundo.

En 1937, fue designado como secretario público de la Biblioteca Municipal «Miguel Cané» en el emblemático barrio de Boedo, donde facilitó el ingreso de Jorge Luis Borges, quien trabajó como auxiliar catalogador entre los años 1937 y 1946. Esta biblioteca, considerada la más antigua entre las bibliotecas públicas de la Ciudad de Buenos Aires, alcanzaría renombre internacional al convertirse en el primer lugar público en el que Borges trabajó y escribió.

Ya consolidado como escritor con una marcada influencia cristiana, participó, junto con el escritor Leopoldo Marechal y el pintor Ballester Peña, en el Convivio, un encuentro de artistas cristianos que proporcionó el marco para debatir diversos aspectos y problemáticas del arte en sus múltiples manifestaciones.

En 1944, asumió el cargo de director general de Cultura Intelectual en la recién creada Subsecretaría Nacional de Cultura, al mismo tiempo que Leopoldo Marechal fue designado como director general de Cultura Estética en la misma institución. Entre 1944 y 1950, Bernárdez ocupó el puesto de director general de las Bibliotecas Públicas Municipales. En 1945, junto a Vicente Barbieri, Leónidas Barletta, Ricardo Molinari y Adolfo Bioy Casares, integró el jurado que otorgó el primer premio de prosa de la Municipalidad de Buenos Aires a la obra Uno y el Universo, el primer ensayo publicado por Ernesto Sabato.

Ocupó el cargo de ministro de Asuntos Públicos. Cuatro años más tarde, fue admitido en la Academia Argentina de Letras como miembro de número, ocupando la silla n.º 10 bajo el nombre de «Carlos Guido y Spano». Después del golpe de Estado de 1955, fue designado como embajador en Madrid, desempeñándose en el servicio diplomático de Argentina hasta 1960. Se retiró como ministro plenipotenciario. En sus últimos años, a pesar de su ceguera, mantuvo siempre una actitud jovial y entusiasta, y conservó su amor por las letras.

Sus primeras obras, siguieron los principios del ultraísmo. Junto con Alcándara (1925), se relacionaron con la época postmodernista, aunque en esta última obra comienzan a manifestarse destellos de lo que más adelante se convertiría en su estilo barroco y original.

A partir de la publicación de El buque, exploró temas de espiritualidad con un estilo clásico que recordaba a autores como Paul Claudel y Charles Péguy. Esta nueva etapa se vio reflejada en trabajos como Cielo de tierra, que incluía su famoso soneto que comenzaba con las palabras «Si para recobrar lo recobrado», La ciudad sin Laura -inspirada en su propia esposa.

En su etapa madura, la poesía de Bernárdez se caracterizó por un tono lírico y romántico, influenciado por los poetas místicos, pero manteniendo su enfoque particular de la belleza de la vida a través de un canto de serena fluidez. Bernárdez se destaca como uno de los pocos poetas argentinos que abrazó el catolicismo en su obra creativa.

Destacó por la belleza de sus sonetos, por sus poemas de métrica extensa (siendo creador de un verso de 22 sílabas) y por su profundidad filosófica, como se evidencia en obras como «La noche». Su traducción poética de los himnos litúrgicos del Breviario Romano, que todavía se recitan en algunos conventos argentinos en la actualidad, y sus escritos en prosa, la mayoría de los cuales son auténticas obras poéticas, completan la obra de este destacado escritor argentino.

Por su obra «El buque» (1935), Francisco Luis Bernárdez fue merecedor del Premio Municipal de Poesía de Buenos Aires.

Sus obras «Poemas elementales» y «Poemas de carne y hueso» le valieron el Premio Nacional de Poesía (Argentina, 1944), un reconocimiento otorgado en ediciones anteriores a poetas de renombre como Baldomero Fernández Moreno (1926) y Leopoldo Marechal (1940).

Falleció en la ciudad de Buenos Aires, Argentina, el 24 de octubre de 1978.

Entre sus principales obras se encuentran:

Orto, 1922
Bazar, 1922
Kindergarten, 1924
El buque, 1935
Cielo de tierra, 1937
La ciudad sin Laura, 1938
Poemas elementales, 1942
Poemas de carne y hueso, 1943
El ruiseñor, 1945
Las estrellas, 1947
El ángel de la guarda, 1949
Poemas nacionales, 1950
La flor, 1951
Tres poemas católicos, 1959
Poemas de cada día, 1963
La copa de agua, 1963