Nació el 28 de junio de 1937 en Serodino, Santa Fe, Argentina. Era hijo de inmigrantes sirios.
Enseñó Historia del Cine y Crítica y Estética Cinematográfica en la Universidad Nacional del Litoral, en Santa Fe. En 1960 publicó En la zona, su primer libro de cuentos. Desde 1962 a 1968 se trasladó a vivir a Coslatiné Norte, en el campo, allí escribiría su primera novela Responso, publicada en 1964, y a la que seguiría La vuelta completa.
1968 fue un año importante en la vida del escritor ya que se estrenó en Buenos Aires, el film Palo y hueso, dirigido por Nicolás Sarquís y con guión de Juan José Saer, y se trasladó a París con su mujer, Mimi Caternao, donde trabajó como profesor y jefe de cátedra de Literatura Latinoamericana en al Universidad de Rennes. Allí nació su hijo Jerónimo, pero poco después tuvo otra pareja, Laurence Guéguen, y nació su hija Clara. En estos años publicó la novela Cicatrices y El limonero real. En 1983 la editorial Folios publicó en México y Buenos Aires, la novela El entenado».
En 1987 recibió el Premio Nadal por su novela La ocasión.
El 20 de abril de 1989 se estrenó el film Las veredas de Saturno, una coproducción franco-argentina, con dirección de Hugo Santiago, y guión de Juan José Saer, Hugo Santiago y Jorge Semprún.
En 1993 apareció la novela Lo imborrable, donde reflexionaba sobre la dictadura argentina, y al año siguiente se publicó La pesquisa.
El 4 de marzo se estrenó en el Centro Cultural Ricardo Rojas, de Buenos Aires, el documental «Retrato de Juan José Saer», realizado en el año 1996 por el director Rafael Filipelli.
Juan José Saer murió en París el 11 de junio de 2005, víctima de un cáncer de pulmón.
Ignorado durante gran parte de su vida creadora, con un programa narrativo riguroso y solitario que lo hizo escribir de espaldas a fenómenos editoriales como el boom latinoamericano (al que desdeñó), la obra de Saer ha obtenido, a partir de los años ochenta sobre todo, el reconocimiento de la crítica especializada, tanto en Argentina como en Europa. Es considerado no sólo uno de los escritores argentinos más importantes, sino incluso uno de los mejores narradores de los últimos tiempos en cualquier lengua.
